La misión principal de la ANIH es concienciar a las Administraciones Públicas y a la sociedad en general sobre la necesidad de reconocer la figura del investigador científico hospitalario, creando la categoría correspondiente, con elfin de mejorar la calidad asistencial, docente y científica en los hospitales.

La ANIH promueve desde su fundación la creación de una carrera profesional para los investigadores en el SNS, así como para el resto de profesionales implicados en la investigación sanitaria, en un marco laboral estable equiparable al del resto del personal del SNS.